Muzeum Dominikanów znajduje się w pomieszczeniach będących częścią krakowskiego klasztoru dominikanów. Klasztor ten, jest jednym z najstarszych dominikańskich klasztorów na świecie, a także – najstarszym działającym bez przerwy męskim klasztorem w Polsce oraz największym zespołem klasztornym na terenie starego Krakowa.
Budowa klasztoru postępowała stopniowo. Najstarsze fragmenty murów powstały już w XII stuleciu, lecz przez wieki poszczególne zabudowania nie były ze sobą połączone. Obecnie, cały kompleks klasztorny sytuuje się wokół trzech wirydarzy. Do bazyliki Świętej Trójcy przylegają centralnie położone czworoboczne krużganki z zamkniętym wirydarzem pośrodku, z których wejść można choćby do gotyckiego kapitularza z XIV wieku, a także – do atrium. To właśnie w XV-wiecznym atrium znajduje się wejście do Muzeum.
Mieści się ono w niedostępnych wcześniej pomieszczeniach klasztornych – w sali z odkrytym XIII-wiecznym murem na poziomie parteru, oraz w pogłębionych średniowiecznych piwnicach.
Pozostałe pomieszczenia klasztorne objęte są klauzurą, która chroni prywatne i wspólne życie zamieszkujących klasztor ponad stu braci kaznodziejów.
